微量元素包括铁、锌、锰、硼等，主要参与光合作用、酵素作用及养分运输等关键机制，微量元素虽然在植物体内的需求量不高，但在生长过程中扮演着不可或缺的角色，当作物缺乏微量元素时，往往会出现生长异常或质量下降的情况，因此是否需要补充，需依实际栽培环境与作物状况来判断，例如土壤偏碱时容易导致铁或锌缺乏；长期连作或高产作物也可能因养分消耗不均而出现不足；在温室或设施栽培中，土壤反复利用常使微量元素更容易失衡，补充方式可透过叶面施肥快速补充，或透过土壤施用进行长期改善，但需注意避免过量，因为微量元素过多同样可能对作物造成毒害。

在实务管理上，建议以「预防性补充＋定期观察」的方式较为稳健，例如在作物快速生长期、开花前后或高温高湿环境下，可适度搭配微量元素补充，以降低缺乏风险。同时也应避免长期单一大量施肥，因为大量氮、磷、钾肥使用过多时，可能会抑制微量元素吸收，造成隐性缺乏问题。